Die Durchsetzung des Embargos erwies sich als sehr schwierig, besonders in den an Britisch-Kanada angrenzenden Staaten. Schmuggel war weit verbreitet; Smugglers Notch in Vermont zum Beispiel verdiente sich seinen Namen durch illegalen Handel mit Britisch-Kanada. Jefferson schrieb die Probleme des Embargos der laxen Durchsetzung zu.
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